L’Université de Lubumbashi est administrativement organisée en deux grands organes qui sont :

• Le Conseil de L’Université
  
  Composé :
  1. du Recteur
  2. du Secrétaire Général Académique
• 1. du Secrétaire Général Administratif
  2. de l’Administrateur de Budget
  3. des Doyens des Facultés
  4. du Vice Doyen de la Faculté de Médecine chargé des laboratoires
  5. du Bibliothécaire en chef
  6. du conservateur en Chef
  7. d’un Représentant du corps académique
  8. d’un Représentant des étudiants
• Le Comité de Gestion
  
  Composé :
  1. du Recteur
  2. du Secrétaire Général Académique
  3. du Secrétaire Général Administratif
  4. de l’Administrateur de Budget